又一场狂风骤雨随着日出东方悄然逝去，粉碎了反秦联盟的刺杀行动，大秦帝国的统治表面上再次复归于平静，就仿佛昨夜什么也不曾发生。秦始皇运筹帷幄，对天下反秦势力进行了一次成功的大清洗，迫使反秦势力悄悄隐匿入广阔的江湖之中，修养生息，由此引发的焚书坑儒事件，也使秦始皇得以成功铲除异已，蜃楼也终于扬帆起航，开往海外去寻找长生不老药。然而，大秦帝国千秋万代的道路上仍然存在着诸多不可忽视的阻碍，一直对中原虎视眈眈的北方狼族，在长期的蛰伏之后，再次爆发起对中原的新一轮冲击，日益频繁的戍边战事，令帝国的铁骑疲于应付。

咸阳宫中的嬴政一边动用无数劳工营造万里长城，一边进行着一些更为精密的计划。现在这个计划已经接近完成，由阴阳家协助完成的巨艇“蜃楼”已经建造完毕。各家各派势力慢慢汇聚到这座平静的海边小城。此时，故事主角天明和少羽为了避开秦兵追捕，正在儒家庄园学习和生活。而接下来各种奇异事件在此地发生，小城的平静也被完全打破。所有的生死仇，家国恨，都将在那个时刻凝结。

从一位误入潇湘谷并最终丧命的青年剑客的角度，讲述阴阳家两大长老“湘君”和“湘夫人”的离奇往事，悬念重重、气氛诡谲。潇湘谷中隐藏着怎样的秘密？湘君与湘夫人之间究竟发生了什么？一切将在妖异的彼岸花海中缓缓揭晓……

每回执行完任务后白凤都显得非常感伤，掌握着别人的命运却要亲手结束，而自己的命运又无法掌握，对此墨鸦却有另一番感悟，想要掌握自己的命运就要有足够的速度。输掉比赛的白凤被墨鸦带去看姬无夜的新猎物，雀阁里关着的是一位抚着空琴的美丽女子，白凤送去的琴虽让她弹出了百鸟来朝的《空山鸟语》，但也为白凤招致了杀身之祸。

特别篇动画《秦时明月之罗生堂下》是独立于动画《秦时明月》正传剧情之外的短篇番外故事。该动画讲述少司命年纪轻轻就从阴阳家弟子成为了阴阳家五大长老之一的经历。

话说秦王灭六国统一天下之后，依然不得安生，因为天下英雄群起而反抗秦国的暴虐，尤其是江湖第一剑客盖聂居然一个人就在残月谷打败了秦兵“千军”“万军”，令秦王很没面子。

医家拒绝加入墨家，但医家素来仁心。五年间端木蓉仍不断救助墨家受伤的弟子，此时墨家巨子燕丹送来了一对身受重伤的男女，他们究竟是谁？一生醉心于治病救人的念端师傅为何屡次拒绝侠义的墨家？她又为什么告诫爱徒端木蓉不要爱上一个以剑为生的男人？乱世间有几人能独善其身，而医者肩负着救治众人于危亡间的重责。端木蓉最终还是违背了师命加入了墨家，故事即将由此开始。