自从机关城崩塌，墨家抵抗势力几乎被全部清除。秦帝国又回到太平盛世的迷梦中。咸阳宫中的嬴政一边动用无数劳工营造万里长城，一边进行着一些更为精密的计划。现在这个计划已经接近完成，由阴阳家协助完成的巨艇“蜃楼”已经建造完毕。它壮丽精绝的身姿浮现海平面彼端，宛如人人梦想中的海上仙山。为了解开巨艇“蜃楼”的疑团，各家各派势力慢慢汇聚到这座平静的海边小城。此时，天明和少羽为了避开秦兵追捕，正在儒家庄园学习和生活。而接下来各种奇异事件在此地发生，小城的平静也被完全打破。所有的生死仇，家国恨，都将在那个时刻凝结。所有人的

公元前222年，秦发兵六十万攻楚，楚军节节败退。乱军之中，日后的名将之星蒙恬（蒙武之子）与未来的西楚霸王少羽第一次在沙场相遇。楚军寡不敌众，情况危急万分，少年霸王与帝国将星的初次交锋，胜负难测……两年之后，秦灭六国，统一中国，成为历史上第一位帝王。然而，乱世并未结束，一股强大的力量正在为颠覆大秦而崛起。他们分别是墨家、儒家、道家、法家、兵家、纵横家、阴阳家、医家、农家，历史上称之为诸子百家。如今，天下反秦势力最后的堡垒——墨家机关城，正遭遇三百年来最大的一次危机。盗跖虽然成功脱出，赶往求援，却被一神秘少女

天下第一剑客—盖聂，携故人荆轲之子—荆天明，为躲避秦王的追杀，踏上了荆棘密布的旅程。此刻，年少的天明对自己的身世以及未来将要经历的一切仍然一无所知，命运之手却已将一幅绚烂至极的画卷在其脚下展开。秦国边境，残月谷，盖聂一人一剑，尽屠300大秦铁骑精兵。这位天下第一剑客以满身伤痕告诉年少的天明何谓真正的强者。消息传来，皇帝震怒，勒令宰相—李斯务必铲除一切抗秦势力。李斯提出以江湖对江湖的所谓以毒攻毒的策略。鬼谷传人，流沙杀手组织首领，原韩国贵族—卫庄，20年前为同门师兄盖聂所败，一生所愿便是击败师兄，夺得天下第

乱世并未结束，一股强大的力量正在为颠覆大秦而崛起。他们分别是墨家、儒家、道家、法家、兵家、纵横家、阴阳家、医家、农家，历史上称之为诸子百家。如今，天下反秦势力最后的堡垒——墨家机关城，正遭遇三百年来最大的一次危机。

从一位误入潇湘谷并最终丧命的青年剑客的角度，讲述阴阳家两大长老“湘君”和“湘夫人”的离奇往事，悬念重重、气氛诡谲。潇湘谷中隐藏着怎样的秘密？湘君与湘夫人之间究竟发生了什么？一切将在妖异的彼岸花海中缓缓揭晓……

仗剑英雄，侠义少年，邀君共赴江湖游。千重机关，万阙迷岭，快意恩仇续前缘。主人公同名士侠隐仗剑游走江湖，于时代变革的乱世之中经历了亲情、友情、爱情的沧桑变幻、悲喜轮回，最终成为了终结这个时代、开创新纪元的决定性力量，也堪称是一段浪漫辉煌的中国式武侠传奇。

医家拒绝加入墨家，但医家素来仁心。五年间端木蓉仍不断救助墨家受伤的弟子，此时墨家巨子燕丹送来了一对身受重伤的男女，他们究竟是谁？一生醉心于治病救人的念端师傅为何屡次拒绝侠义的墨家？她又为什么告诫爱徒端木蓉不要爱上一个以剑为生的男人？乱世间有几人能独善其身，而医者肩负着救治众人于危亡间的重责。端木蓉最终还是违背了师命加入了墨家，故事即将由此开始

每回执行完任务后白凤都显得非常感伤，掌握着别人的命运却要亲手结束，而自己的命运又无法掌握，对此墨鸦却有另一番感悟，想要掌握自己的命运就要有足够的速度。输掉比赛的白凤被墨鸦带去看姬无夜的新猎物，雀阁里关着的是一位抚着空琴的美丽女子，白凤送去的琴虽让她弹出了百鸟来朝的《空山鸟语》，但也为白凤招致了杀身之祸。

特别篇动画《秦时明月之罗生堂下》是独立于动画《秦时明月》正传剧情之外的短篇番外故事。该动画讲述少司命年纪轻轻就从阴阳家弟子成为了阴阳家五大长老之一的经历。

卫庄的手下黑麒麟潜入墨家机关城，夺得机关城内部构造图交给卫庄，卫庄命令黑麒麟在机关城核心的中心水池下毒，之后，黑麒麟化妆成盖聂暗算徐夫子，不但下毒成功，而且使得高渐离对盖聂生疑，将其软禁在房间内。太阳升起，触动了黑麒麟下在水池中的鸩羽千夜，墨家机关城内顿时飘满毒气，墨家弟子死伤惨重。卫高渐离等人躲入墨家墨核，被卫庄团团围困，墨家正遭遇三百年来最大的浩劫……