墨西哥及尤卡坦半岛上，有着闻名世界的玛雅人库库尔坎金字塔。在金字塔中的秘密通道里，有一个可以通往龙之谷大陆的传送门。传说，龙之谷大陆是羽蛇神·库库尔坎居住的大陆，在龙之谷大陆中的，封印着一枚神秘的库库尔坎纹章。库库尔坎纹章上记录了玛雅人关于对天文研究的方法及5个预言的簪文，以及玛雅鼎盛时期的贵族黄金宝藏。拥有库库尔坎纹章的国家，除了能获知玛雅人天文、数学方面的高超算术能力成为统治“天空霸主”之国外，而库库尔坎纹章的使者更可掌握死亡和重生的权能。一次偶然的机会，印第安纳·琼斯（哈里森·福特 饰）获得好友赠送

这个世界的最强者拉基-宾天创造了一片名为神王大陆的地方，并将自己力量的源泉-神核，藏于神王大陆的某处，从此引来无数冒险家的探索。百年之后，拥有‘神核’的少年秋临因为自己的过失，失去了最珍惜的伙伴，为了捍卫公会的荣誉，秋临不惜用尽全力与敌人同归于尽。转瞬，得到重生的秋临，回到了一切故事的起点，为了弥补前世的遗憾，他将战至终章。