在本部故事中，小齐和尤尤等小伙伴们离开了珊瑚城，乘坐探险船去远行，继续他们的科学发现之旅。在旅途中，小伙伴们不仅懂得了许多科学道理，而且遇到麻烦时，总是互相帮助，团结友爱。

红孩儿是观音菩萨身边的善财童子，在菩萨身边修行的红孩儿祛除了魔性，他勇敢机智、热情乐观、并且富有正义感。 一日，观音菩萨预感九重天巨树一带的自然环境将面临一场浩劫，于是送红孩儿去大学院上学。在大学院，红孩儿接触到国学、算术、武学等各种课程，还认识了五个伙伴。这五个小伙伴各自身怀绝技，逐渐成为红孩儿的左膀右臂。红孩儿与五位伙伴每天过着快乐而热闹的学院生活。