英国黑衣人总部王牌探员H与新晋探员M在阻止外星团伙入侵的过程中意外铲除了隐藏在黑衣人组织中的内奸，成功拯救世界 。各种脑洞大开的外星人和颠覆想象的高科技装备轮番登场，热血沸腾惊心动魄的动作追车场面层出不穷，完美构建出全新的黑衣人宇宙观。

朝歌，纣王初见妲己，倾国倾城。桃花树下，妲己为父亲之事暗自垂泪，纣王为博妲己一笑，赦免苏家灭族之罪。姜皇后站在阁楼望月哀思，泪两行。姜皇后不计前嫌救醒中毒的妲己，妲己脑中闪过虿盆崖边云溪说的话，愧疚难当。皇后放妲己离去，话里透着玄机。一群神秘黑衣人浩浩荡荡出现在昏迷的君亦辰身边，动机不明。妲己从黑衣人手中抢回君亦辰。君亦辰在虿盆崖失去过多阳气，妲己为帮他疗伤，去往妖族地界-虹崖。妲己轻车熟路走进一间当铺，一只豹子应声而出。妲己耍诈偷走豹子贴身暗藏的元气珠，豹子暴走。妲己给君亦辰服下元气珠，愤愤不平的申公豹

　五帝之一青帝封印青麟木，但封印不稳，每隔一段时间就会产生裂隙，狐族为了报答青帝恩德，自愿留下守护青麟木。黑帝封印解除后，瞳洸成长为一个娇俏的少女，她担负起姐姐的职责成为玄水教祭司，以前那个只会依赖别人的小女孩渐渐成长，变得坚强独立起来。而在玄水祭坛上，玄极从黑衣人身上发现了一股熟悉的气息，那气息和自己有着千丝万缕的联系，似乎是一位故人……黑衣人究竟会是谁？

对一个非法的外星人跳投者的追逐，将凯和杰伊带到杰比的商店，在那里，虫子们恰好在交易中。当凯和杰伊试图逮捕这名罪犯时，一场战斗接踵而至，其间蠕虫们意外地被一种神秘物质粘住。外星人的罪犯利用他的隔离时间来打开时间通道逃跑。Jay过分热心地追求着，发现自己也无意中被卷入了这个门户，在一个令人不安的未来里，蠕虫们统治着地球（想想人猿星球）。与此同时，在现在，被黏着的蠕虫病毒开始分裂并成倍增长，就像变形虫一样。它们是未来蠕虫世界的未知起源。在未来，杰伊被抓获并被判处死刑。只有在四个富有同情心的未来蠕虫人的帮助下，他

杰伊和凯，宇宙中最具爆发力的打击犯罪和与外星人扯皮的特工，又回到了这部动作动画冒险系列电影中来，这部电影是根据汤米·李·琼斯和威尔·史密斯主演的热门电影改编的。Kay (Ed O'Ross配音)是一位资深的MiB经纪人，他已经在这个街区呆过几次了，看到了人类无法理解的事情。菜鸟杰伊(基思·戴蒙德饰)是前纽约警察局警察，被凯招募为他的搭档。美丽而才华横溢的Elle (Jennifer Lien饰)是MiB组织的一名研究科学家，而Zed (Charles Napier饰)则是最高机密行动的负

大师兄容云鹤带着两个师弟下山，偶遇姬瑶被黑衣人重伤，危急时刻出手相救。

皇宫突发怪病，症状诡异被称作——狐仙索命。染病的两宫众人被皇后下旨隔离在东宫（冷宫）。 宫中请来郎中叶志理来查明病因，并派遣付高护其左右。叶志理从第一个发病者高厨子查起，却正好目睹其惨死。叶志理顺藤摸瓜找到高厨子的相好婢女月儿。而月儿却被一黑衣人暗杀。在追逐黑衣人的过程中，叶志理发现了容妃和沁妃的秘密。此时地窖突起大火，线索被毁。守门老太独揽罪责。叶志理欲带着沁妃一行人出宫复命。容妃误会叶志理便带着黑衣人进行阻拦，实则是为儿报仇，杀死沁妃。面对容妃的步步紧逼，沁妃道出了不为人知的缘由。正当沁妃要赶尽杀绝之

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相。

1990年代，某城市。年愈五旬的伞匠李来福与营业员肉嫂相恋，正待两人准备结婚时，一个黑衣女人不期而至，并在新婚的床头放下一男婴臭臭。肉嫂疑为孩子是来福私生子，吵闹过后号啕而去。来福百口莫辩，想丢弃臭臭，孩子的泣哭令来福不忍。深夜，再次来到来福家的黑衣女臭臭的生母刘婷婷道出原委。原来她是报复与李来福重名的负心男友，来福听罢如释重负，他帮婷婷查找到其男友住址，但现状令人震惊。男友抛弃婷婷只身去澳洲后，生活无着，在买掉一个肾后落魄回国.

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J 和K一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。