邹来秀卖小吃豆花为营，其父亲邹兴贵嗜赌成性，输了很多钱，问老婆古玉姚讨钱未果，争执中突发心梗送入医院，抢救无效身亡。翻找出一张婚书，上面写着等顾水清成人后就娶来秀为妻，赠顾家传家宝金丝红盖头为凭证，落款顾鼎方。玉姚着急带着来秀去二泉市，殊不知鼎方已不在人世，水清和女友邓茜眉也已经打算订婚了，夜里返回途中撞倒了早下一站车的来秀妈，没下车就直接开走了，着急赶回家参加家宴，路过的刁五魁看不惯就骑着摩托追了上去却跟丢了，五魁的父亲恰巧在顾家做了多年的厨子，水清也是他一手带大的。来秀和母亲终于来到了二泉市。

真理之箱已经透露是当年Alteran人研制的一个洗脑装置，它引起了在道德和哲学上的极大争议，赞成使用的一派Alteran人后来成为Ori，反对的一派离开家乡星系并最后到了银河系，就是古人。在这部电影里，主角们必须使用它来消灭Ori，但这个决定是艰难的，因为一旦使用，在本质上就与Ori毫无区别。

突然降临的魔兽将人类逼入灭亡边缘，最终“六英雄”出现并将远古的力量“魔术”传给人类，通过使用魔术和科技结合开发出来的“术式”，人类在这场后来被称为“第一次魔道大战”的战争中逆转胜利。然而战后，负责管理“术式”的“世界虚空情报统制机构”开始独裁统治，“斑鸠连邦”向“统制机构”竖起反旗并发动“第二次魔道大战”（人类内战），但结果仍以“统制机构”的胜利告终……内战结束2年后，2199年12月，史上最高悬赏金额最高的通缉犯拉格纳·THE·布拉德艾奇出现在阶层都市“迦具土”，单身向“统制机构”发起挑战……