阿逗全名陈德清，出生在一个警察家庭，心中最崇拜的偶像就是福尔摩斯侦探。阿逗父亲早年因公殉职，一直以来和母亲相依为命。阿逗自幼认识于可能、王大壮，他俩可能也是阿逗唯一的朋友。阿逗习惯在街头观察生活中的细节，正因如此，他练就了有别常人的洞察力，而他最大的志向是写一本侦探小说。为了写小说，阿逗经常去图书馆文献室查阅旧资料。这一天，阿逗在文献室发现了诡异的箱子和一名受伤严重的人，同时图书馆外闯进了两名黑衣人。在和黑衣人抢夺箱子时，阿逗神奇的穿越到了1947年的民国的德清。在惊恐和不惑中，来自现代的屌丝宅男阿逗不得

高、矮黑衣人的行动标志“梅花胸针”在打劫富家子弟李刚的过程中，高个黑衣人将行动标志“梅花胸针”遗失，被捡垃圾的犀利哥大麦捡到，大麦将这枚“梅花胸针”卖到饰品店，存在侥幸与碰运气的大麦去彩票店买彩票一搏运气。 　　隐藏身份的富二代陈家辉为证明自己的能力，与琬雯从恋爱到就业到结婚买房，自食其力。两人准备结婚时却遭到了琬雯母的设障，琬雯母要求结婚必须要有房子。无良饰品店店主将大麦卖的“梅花胸针”重新包装后卖给了陈家辉与琬雯，黑衣人在跟踪李刚的过程中无意发现了佩戴“梅花胸针”的琬雯，黑衣人为找到行动标志开始跟踪琬

顾晓琴的工厂发生爆炸，一场大火夺取了车间99个人的生命，顾晓琴为救赎生命来到一片原始森林寻找“疯子”科学家发明的时间重启器，然而刚踏入丛林，野兽，陷阱，黑衣人的出现，让顾晓琴和队友接连死去。再次醒来的顾晓琴，发现自己进入了一个时空漩涡，她能否找到时间重启器回到过去，她的队友又有多少秘密不为人知，黑衣人的反复追杀到底隐藏了什么，各种猛兽的凶险该如何避开，都是顾晓琴将要一一面对的。

英国黑衣人总部王牌探员H与新晋探员M在阻止外星团伙入侵的过程中意外铲除了隐藏在黑衣人组织中的内奸，成功拯救世界 。各种脑洞大开的外星人和颠覆想象的高科技装备轮番登场，热血沸腾惊心动魄的动作追车场面层出不穷，完美构建出全新的黑衣人宇宙观。

原本生活幸福的雨薇偶然间发现丈夫不断的给一个女人转账，雨薇以为丈夫出轨，便展开一系列的跟踪调查，在即将查明真相之际却被神秘的黑衣人绑架，原来一切背后另有令人惊悚的玄机……

患有怪病的贵嫔苏芩，入宫后偶遇黑衣人“病中病”劫持，并以与宁安王陆寰相守成婚为条件达成“弑君”协定，在风波中二人共赴生死逐渐感情升温。

阿明（李灿森 饰）、黑仔阿满（梁焯满 饰）、公子龙（张豪龙 饰）是居住在香港的三个小青年，他们穷困潦倒，一事无成，因举借高利贷无力偿还而被人当街追杀。走投无路之际，他们遇见一个神秘的黑衣人，黑衣人要他们祭拜黑龙偶像，即可实现发财的梦想。阿满“为了钱死都可以”，阿龙“只要能发财谁死都行，除了他自己”，阿明“只要能和女友阿雪结婚，做什么都行”。穷极生疯，三人完全不顾后果拜起了黑龙。盲打误撞，他们竟真的开始转运，横财源源不断。然而塞翁失马，焉知非福。正当他们欣喜非常之时，厄运不起而至，当初在黑龙面前许下的承诺一

前往半人马座行星系统的“彼岸”工程是一次赌博般的探险，而这几乎已经失败的旅程阴差阳错成为了人类文明最后的希望。但是“彼岸”工程的最终成功与否，却全部系于林夏独自一人的孤岛之旅。这座充满回忆的孤岛，尾随而来的黑衣人，只有24个小时，疲惫的她如何拯救这个被超新星爆发定格的世界？

传奇五灵锁拥有可以保护世界的神奇力量，却阴差阳错地选中了“一无是处”的猪猪侠作为它的主人，此时出现了一个可怕的黑衣人，他的目标竟是要毁掉所有的五灵锁。初出茅庐的猪猪侠迎难而上，经历重重较量，猪猪侠发现了黑衣人竟然是十三年后的自己……

改编自1997年的同名电影，这部动画主要讲述了关于一个由致力于为地球上的外星人提供星际移民服务的男人所组成的秘密政府组织的故事。