阿力和贝贝都是优秀的科研小潜艇，他们是一对非常好的拍档，在《潜艇总动员》中，他们共同完成了很多次的训练和任务，这一次，两个小家伙将面临什么样的神秘而有趣的挑战呢？　　著名的海洋研究学家及水下考古考古学家苏红博士拥有四枚加勒比海盗藏在深海中的上古勋章的仿制品，四枚勋章分别代表了智慧、勇气、友谊和正义。这一天，苏红博士召集阿力和贝贝，交代他们如果能够完成一项任务将会获赠一枚勋章，如果能够收集齐四枚勋章，小家伙们将获邀去泉州参加海洋博物馆的开幕仪式，并将获得博士赠送的神秘奖励，这让小潜艇们激动不已，跃跃欲试！　

讲述了科研潜艇阿力为寻找传说中的彩虹宝藏，和他的伙伴们一起快乐出发，在神奇快乐的海底世界寻宝的故事。

这天，道歌教练安排了一个任务给水下摩托艇石头两只受训潜水艇——贝贝和与阿力，那就是先将海参们放回珊瑚堆，然后找到一个合适的箱子，去将飞机苏茜运来的鳗鱼运回培训基地。三个小伙伴一开始为了争夺负责人，几乎搞砸了所有事。后来他们认识到自己错了，于是齐心协力终于完成了任务。潜水艇贝贝和阿力这天毕业了，毕业之际，他们回想起自己接受潜艇训练的点点滴滴：为救教练潜到20米、与油妈交换工作……这当中不仅使他们懂得了做事的道理，还令他们收获了可贵的友情。

小潜艇阿力前往海底深处执行任务，遭遇史无前例的意外事件。小鲨鱼梅莎拒绝成为爸爸独眼鲨那样鱼见鱼怕的海底霸王，内心幻想成为小潜艇阿力一样的海底英雄。她无意之中得到的神秘宝盒，却把爸爸独眼鲨变回了童年的模样。当宝盒离奇失踪后，海底游乐场惊现神秘大怪物……为探寻谜底拯救海底世界，小潜艇带着超萌小动物们一起踏上了神奇的寻宝冒险之旅。

两个月前，美国一艘深海潜水艇在运送超级军事物品时，军方收到一阵勐然攻击及船员惨叫声后，潜艇无故失踪…一段时间后，潜艇于距离加州海岸60英理被发现，为了搜回失去的货物及查出事发原因，政府派出荣恩博士及精锐女金刚进入潜水艇…方发现大部分船员无故被杀，只剩下一位半疯癫的幸存者，在哭诉船员被不明怪兽厮杀的故事，直至众人真的被怪魔袭击，才发现美国军方准备大量繁殖巴比伦神话中的恐怖毒蝎，作为生物武器的真相…无数的毒蝎令人心寒，一场空前绝后的生死火拚现正展开。

科研潜艇“逗号”，是科幻小说《地心游记》的铁杆粉丝。为研究海底神秘物质, 跟着叔叔地质学家 “铁石号”深潜马里亚纳海沟，意外被卷入洞穴迷宫来到巨大未知世界并发现远古生物，开启了超乎想象的海底地心探险。

300年前，沿海居民不堪忍受外来殖民侵略者的压迫与搜刮，组成海盗与殖民者作战。海盗们将殖民者的财宝抢来埋藏在一片神秘海域，传说堆积如山的财宝光芒闪耀，变成美丽的彩虹，从此海盗和他们的宝藏以彩虹而闻名。

深海基地由于被传说中海怪袭扰启动了抓捕计划，逗号却发现海怪其实只是一只可爱的小龙，在逗号和小伙伴的不懈努力下终于化解了海怪的误解，并让小龙和龙妈妈重聚。

小潜艇阿力前往海底深处执行任务，遭遇史无前例的意外事件。小鲨鱼梅莎拒绝成为爸爸独眼鲨那样鱼见鱼怕的海底霸王，内心幻想成为小潜艇阿力一样的海底英雄。她无意之中得到的神秘宝盒，却把爸爸独眼鲨变回了童年的模样。当宝盒离奇失踪后，海底游乐场惊现神秘大怪物……为探寻谜底拯救海底世界，小潜艇带着超萌小动物们一起踏上了神奇的寻宝冒险之旅。

科研潜艇“逗号”，是科幻小说《地心游记》的铁杆粉丝。为研究海底神秘物质, 跟着叔叔地质学家 “铁石号”深潜马里亚纳海沟，意外被卷入洞穴迷宫来到巨大未知世界并发现远古生物，开启了超乎想象的海底地心探险。