该剧讲述以宋慈为首的六位少年因机缘巧合相聚在一起，携手破获多起神秘诡谲的疑案，意外卷入南宋朝堂主战派和主和派斗争，逐渐从懵懂的少年成长为真正心怀家国大义之人的故事。

宋慈原是一个饱受歧视的棺材遗腹子，一直靠打更为生，不料一宗命案改变了他的人生。因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中，被判死刑，后得到新知县宋翊及验尸官相助，沉冤得雪。宋翊聘宋慈为忤作，两人合作屡破奇案，声名大噪。唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现，原来假宋翊为求功名，将真宋翊推下山崖冒名顶替，做起了知县，后又攀附权贵，抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻，岂料蓝家早已外强中干，负债累累。假宋翊感到蓝彩蝶是他的负担，

宋慈、夜白为替师傅真德秀翻案，来到封县追查贪腐元凶。在捕头沈谷钧的协助下，查到可疑之人。却不料每每查到关键，线索人都会被害身死。通过检验尸体和细微的勘察，以及神秘人岳崇的暗中相助，宋慈最后终于找到元凶，并牵出了一桩四十年前的贪腐旧案。不料这真相的背后竟隐藏着更大的秘密。

大宋淳祐七年，钦州灵龙镇灾患频现，民间谣言乃蛟龙作祟，需将童男童女投入锁龙井喂食蛟龙方能得享安宁，家有幼童者皆人心惶惶。一日，新科进士庄严途径此地，闻听此事坚持将童男童女救下，却不想竟意外卷进一宗离奇杀人案而锒铛入狱。灵龙县仵作助手小宛为救心上人，不远千里求请已金盆洗手的宋慈出山查明真相。案件疑点重重，宋慈和小宛联手，突破重重难关，终于真相水落石出。然而眼看灵龙镇逐渐恢复平静，宋慈却发现原来真相并没有他想象中那么简单……

大宋淳祐七年，钦州灵龙镇灾患频现，民间谣言乃蛟龙作祟，需将童男童女投入锁龙井喂食蛟龙方能得享安宁，家有幼童者皆人心惶惶。一日，新科进士庄严途径此地，闻听此事坚持将童男童女救下，却不想竟意外卷进一宗离奇杀人案而锒铛入狱。灵龙县仵作助手小宛为救心上人，不远千里求请已金盆洗手的宋慈出山查明真相。案件疑点重重，宋慈和小宛联手，突破重重难关，终于真相水落石出。然而眼看灵龙镇逐渐恢复平静，宋慈却发现原来真相并没有他想象中那么简单……