很久很久以前，在宇宙中有一个独角兽星球，星球上 的国王守护着6种威力强大的银河武器，传说中谁拥有了这 6种武器就可以统治整个宇宙。外星恶势力坏坏军团企图占 有这6件银河系武器从而达到他们统治宇宙的目的。为了守 护宇宙和平，国王把6种武器分散后藏在了地球，地球上的 小男孩谭乐意外获得了银河武器并唤醒了武器的守护机器人托宝战士，坏坏军团为了追踪银河武器也来到了地球， 但是，有谭乐和他的托宝战士伙伴们在，他们的阴谋没有 一次能够得逞，地球又逐渐回复了往日安宁。

特搜队“UPG”，地底居民维克特利人、切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人-10，并且银河斯特利姆形态都将登场。前作《银河奥特曼》的两年后的世界为舞台的本作，根据新的超常现象，为准备应对危机而新设立的特搜队——UPG（全称：Ultra Party Guardians）。守护者神秘的能量水晶体“维克特利水晶”的地底居民“维克特利人”，谋划夺取“维克特利水晶”的宇宙人——切布尔星人艾克塞拉以及他的手下组成的安卓机器人-10和怪兽们、以及新的奥特曼“维克特利·奥特曼”的加入、从泰罗·奥特曼中获得新力量并升级的

尤莉安公主被阿布索留特人掳走后，宇宙警备队与银河救援队一起展开了救援行动，奥特联盟的成员也为了即将到来的大战而努力进行特训。与此同时，新生代的战士们带着新的任务，在宇宙各地搜集恶魔碎片。来自王国的阿布索留特塔尔塔洛斯复活了亡灵基纳，他在策划一场新的阴谋。他向光之国发出了最后的通牒，希望光之国马上投降，不然尤莉安公主将会陷入危险。就在此时，阿斯特拉通过宇宙拳法，终于发现了王国的坐标。救援尤莉安公主的行动迫在眉睫，奥特之父命令救援队立刻前去王国母星拯救尤莉安公主。救援队到达王国母星后遭到了敌人的围堵，而他们在

彼得·奎尔是一名从小被劫持到外太空的地球人，在义父勇度的培养下成了一个终极混混，自称“星爵”。一次行动中他偷了一块神秘球体，便成为了赏金猎人火箭浣熊、树人格鲁特的绑架目标，而神秘的卡魔拉也对神秘球体势在必得。经过笑料百出的坎坷遭遇，星爵被迫和这三人，以及复仇心切的“毁灭者”德拉克斯组成小分队逃避“指控者”罗南的追杀。然而这个神秘球体拥有无穷的力量，小分队必须团结一致对付罗南，才有可能解救整个银河系，银河护卫队由此诞生。

火箭浣熊偷走了大祭司阿耶莎的能量电池，包括星爵、卡魔拉、德拉克斯在内的一行人遭到了后者派出的舰队的袭击。一个神秘人物乘坐着飞船救下了银河护卫队的众人，而驾驶着飞船的不是别人，竟然正是星爵的亲生父亲伊戈。在伊戈的带领下，星爵、卡魔拉和德拉克斯来到了由伊戈一手制造的星球上，而剩下的成员们则着手修复损坏的飞船。那边厢，阿耶莎委托勇度抓住星爵替自己报仇，而卡魔拉亦渐渐发现了伊戈和善面目下隐藏的巨大阴谋

最强战士贝利亚因为渴望力量偷取等离子火花塔而坠入黑暗，走上歧路的贝利亚发起了一场叛乱。最后还是奥特之王亲自出手才平定了这场叛乱，并将贝利亚打进宇宙监狱。多年以后，扎拉布星人拿着终极战斗仪在宇宙监狱救出了贝利亚。重获新生的贝利亚直接杀回光之国，以报当年被封印之仇。一场大战过后，贝利亚夺走了光之国的核心能源，最终导致奥特之星瞬间冻结。只有少数奥特战士得以成功逃离，剩下的奥特战士都被冻结在奥特之星上。梦比优斯奥特曼等少数逃出的奥特战士，肩负着光复光之国的使命。不过仅靠他们几位奥特战士的力量还不足以对抗邪恶的贝利

已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。而原因却不明……不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影……那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！就在同一时刻 出现了能够驾驭怪兽的

四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势

奥特战士们的故乡——M78星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的草率，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——奥特手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。在旅途中，赛罗感受到有声音在召唤他，赛罗跟着召唤他的声音，来到了一个未知的行星。赛罗在拯救行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突……