隐藏着神秘力量的玖楼国的公主·小樱，在某一天，中了某人的诡计，失去了记忆。为了取回她变成“羽毛”而飞散到异世界的记忆，她的青梅竹马小狼展开了冒险之旅。他所到达的是……

在沙漠城市玖楼国，少年小狼多年前，跟随养父考古家藤隆来到这国家，希望发掘该国的翼形遗迹，以解开玖楼国的历史之谜。小狼因此认识了玖楼国中的各人，包括与他青梅竹马的小樱公主。二人一直互相心仪，但小狼碍于身份问题，一直不敢表白。藤隆辞世后，小狼继承父亲遗志，继续挖掘和研究工作。为了拯救小樱，小狼带着小樱与新结识的法伊和黑钢踏上了在不同次元甚至不同时间寻找羽毛的征程，而飞王也在密切关注着事情的进展。只是主人公四人不会想到，这一切的一切，都是一个巨大的阴谋。

羽翼年代记第二季故事讲述玖楼国的公主小樱拥有跨越时空的能力，和她在一起的小狼则是一个继承父亲遗志的考古家。英俊的小狼充满正义，勇敢刚强。把小樱视为生命里最重要的人。他们遭到不明身份的野心家狙击。小樱因此失去了全部记忆，而且伤重昏迷。小狼为了寻找小樱的“记忆之羽”而穿梭在不同的时空。和另外两个目的不同的旅伴--黑钢及法依一起踏上了奇异的魔法之旅！