时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。

舞台是架空的大陆·努纳西亚。悠久的历史记载着无数的国家和文明的兴起、繁荣、战争、灭亡。住在绿意盎然的边境村落·丹德拉的凛，是个稍有些贪吃、充满精神的女孩子。与可靠又温柔的姐姐·梅尔、以世界第一的科学家为目标的科学宅少年·阿尔、严格但满怀关爱的爷爷一起过着平稳的生活。另一边，住在华丽的王都、被人民爱戴着的歌姬·菲妮丝。她虽然作为某位将要继承王位的王子的王妃候补，却在被重重墙壁包围的深宫中孤独度日。这两人有着其他人类所不具备的特殊力量。她们能够演唱出产生治愈伤口、创造出水、点火等各种各样奇迹的歌声。……命运将

真历71年、总人口的70%均居住在宇宙的时代，此时的世界并存著两大势力——由军事同盟发展而来的德尔西亚军事盟约连邦，与因贸易协定而扩大的环大西洋合众国（ARUS）。故事主角时缟晴人所在的中立小国吉奥尔遭到了德尔西亚军的侵略，正当他和咲森学园的一众同学都认定只能默默等待败亡之时，晴人与埋藏在地底的神秘人型兵器“Valvrave”相遇了。一场影响世界的革命，亦随着这部夺去年轻生命的机体开始酝酿……

作品主要讲述了某天，一款曾经掀起过大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」停止了运营。游戏原本会停止一切服务，但过了结束时间后，玩家们却发现不能退出，NPC也产生了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员一起意外穿越到了异世界，并且变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开了帷幕。

在未来，受异常气候导致的气温骤升影响，地表大部分区域都被水淹没了。世界由大事务协调局进行管理，当局建议由机器人与仿生人承担因气温上升而变得更为艰苦的体力劳动工作。而这里──是某一所『空房』。在这个被人们遗忘的地方，生活着钴伯特、铬洛姆、硅伊、氖恩四个无主仿生人。四人不知自己为何被制造出来，也不知自己为何在这里，只是重复着每一天的生活。──而他们与一位『少年』偶然『相遇』了。这是后来推动人类、仿生人，乃至整个世界的命运的开端。依靠着心中涌现的不知名程序，四人以王者“独立式”统治的巴别塔顶点为目标展开了挑战。