雷门中学的足球部是一个仅有7名部员的弱小队伍。社团活动室内聚集了一批拥有各自爱好，度过糜烂每一日的部员。　　热血足球少年的队长·円堂守激励部员们 为了明天的比赛练习吧！。其中居然有强队帝国学园那里发来的比赛邀请。但是要比赛的话还缺少4人。而且如果不参赛的话将会关系到足球部的存活。所以无论如何为了要实现与帝国学园的比赛，円堂开始致力于一个人练习。　　某一天，円堂与拥有必杀射门技“火焰龙卷风”的“传说中的前锋”豪炎寺修也相遇了。

　　雷门中学的足球部是一个仅有7名部员的弱小队伍。社团活动室内聚集了一批拥有各自爱好，度过糜烂每一日的部员。　　热血足球少年的队长·円堂守激励部员们 为了明天的比赛练习吧！。其中居然有强队帝国学园那里发来的比赛邀请。但是要比赛的话还缺少4人。而且如果不参赛的话将会关系到足球部的存活。所以无论如何为了要实现与帝国学园的比赛，円堂开始致力于一个人练习。　　某一天，円堂与拥有必杀射门技“火焰龙卷风”的“传说中的前锋”豪炎寺修也相遇了。

闪电十一人GO第二季讲述的是十年后的故事，少年松风天马来到雷门中学作为游戏故事的开始。但在这次故事中，足球则并没有过去那么火热，而是由足球管理组织“第五部门”所管理支配，“足球已经腐烂了，足球的热情已经没有当年高了。”雷门中学作为一间足球名校，被神秘的组织第五部门所暗中盯中，足球的未来发展会怎么样呢？