一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。当超梦醒来后，因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次感到迷茫。

一生仅有一次的生日，将你带往奇迹的冒险！就在小茜生日的前夕，谜之炼金术师希波克拉底和他的弟子皮波突然出现在缺乏自信的她面前。“希望你拯救我们的世界！”两人向小茜恳求道。然后，小茜被强行带到了另一个世界——和古董店地下室的门相连的“充满幸福之色的Wonderland”。不可思议的动物和人们居住着的世界，被当作救世主守护即将从这个世界消失的颜色的小茜，在大冒险的尽头所做出的改变人生的决定是？一生仅有一次，特别兼神奇的生日开始了！