在扎兹巴姆登陆城的战斗之后，斯雷因带着雅赛兰公主离开。而等到她再次出现在公众面前时，却变成了一个坚定的主战派。斯雷因则加入扎兹巴姆麾下，成为了一个骑士，驾驶着装甲坐骑，在火星和地球的战争中大显身手。伤愈归来后的伊奈帆则是看出了电视上的雅赛兰公主是冒牌货，决心找到真的公主。火星和地球的战争开始进入了相持阶段，丢卡利翁号战舰作为唯一能在科技上和火星对抗的武器，再次被投入了战争之中。

明治时期，围绕着日本最大的湖泊·琵琶湖畔的监狱所展开的冒险剧作。被大蛇玩弄于鼓掌之中的—阴家、豺、风魔— 故事中描写了他们的过去以及未来。

在上一年的全国大赛中取胜的主人公·小野田坂道所属的总北高中。组建队伍的前辈们纷纷毕业、引退，作为新世代的队伍开始进发的他们，在互相刺激、支持、提升的过程中，顺利打入以连霸为目标的全国大赛。之后，决战之时到来。以夺回王座为目标的对手箱根学园、拥有怪物选手御堂筋的京都伏见以及全国的强豪们齐聚一堂，以优胜为目标展开激烈交锋！所有选手各自心怀的想法。身为直线奔驰的竞速选手，身为征服山路的攀登者，以及身为将队伍导向胜利的王牌……通向各自荣誉的终点线——“GLORY LINE”，最先通过的人究竟会是谁——？

本作品由2部分组成，自小说《Thunderbolt Fantasy 东离剑游纪 外传》中收录的「杀无生篇」及虚渊玄亲自执笔的新作短篇「殇不患篇」。「杀无生篇」为《Thunderbolt Fantasy 东离剑游纪》的前传故事，以凛雪鸦性命为目标，执拗追杀着他的杀无生，过去与凛雪鸦的一段因缘将在此揭明。「殇不患篇」为虚渊玄亲自执笔撰写的《Thunderbolt Fantasy 东离剑游纪》后传故事，在与蔑天骸、玄鬼宗、魔神等一战过后，东离再度恢复和平。与丹翡、卷残云他们告别，继续着旅程的殇不患，来到了一家冷

在扎兹巴姆登陆城的战斗之后，斯雷因带着雅赛兰公主离开。而等到她再次出现在公众面前时，却变成了一个坚定的主战派。斯雷因则加入扎兹巴姆麾下，成为了一个骑士，驾驶着装甲坐骑，在火星和地球的战争中大显身手。伤愈归来后的伊奈帆则是看出了电视上的雅赛兰公主是冒牌货，决心找到真的公主。火星和地球的战争开始进入了相持阶段，丢卡利翁号战舰作为唯一能在科技上和火星对抗的武器，再次被投入了战争之中。

1972年，连接地球与火星的古代文明遗产“超空间门”被发现。地球向火星派出了调查团，找到了古代文明的“Aldnoah”科技。之后，火星上成立了“弗思帝国”，与地球的联合政府开战，引发了让月球碎裂的“天堂陨落”。2014年，休战十余年的地球与火星开始进行和平谈判，弗思帝国的大公主雅赛兰来到地球进行友好访问，却在日本的新芦原遭到恐怖袭击丧命。火星骑士以此为借口，发动了对地球的侵略，居住在新芦原的界塚伊奈帆被卷入了战火。而另一方面，雅赛兰的好友，随父亲移居到火星的斯雷因却发现，公主其实并没有死……

召集了各个分野上的超一流的高中生，为培育他们成长而设立的政府公认特权学园「私立希望之峰学园」。在这个学园，存在着云集了超高校级的才能的"本科"，与只要支付了高额学费就谁都能够入学的"预备学科"两个学科。不仅仅是才能，连性格也充满了个性的第77期本科生。他们不只是固执于他们的才能，而是学习到了『对于人生来说重要的不是才能，是在与人之间的交流中研磨人格与创造回忆』，各自像普通的高中生一样讴歌着学园生活。但是，因谜之计划的进行，由学园引发的

刚升上高中一年级的佐藤一郎，某天在晚上潜入学校拿东西时，遇见了身穿蓝色斗篷，拿着金属杖的美少女。自从遇到她之后，佐藤期望的平稳学生生活渐渐的离他而去。

公元5012年。突然降临的外星人，和其制造的机械生命体，让人类陷入了灭绝的危机。只有极少一部分人类逃到了月球，为了夺回地球，他们使用人造人士兵开始了反攻行动。但是面对能够无限增殖的机械生命体，战斗陷入胶着。为此，人类派遣最终兵器——由新型人造人组成的“寄叶部队”前往地球。刚被派到地球的“2B”和先行调查员“9S”会合，准备执行任务，却在途中遇到了各种难以解释的现象……这是讲述为人类不停战斗的，没有生命的“人造人”的故事——