传说在芭罗慈遗迹中封印着太古时代的地狱。然而对文物古迹有着强烈好奇心的黑崎硬是解开了该封印！随后，能将世界化为地狱的阎魔兽赛高古复活了！赛高古实力超群，在它强力的攻击下，艾克斯奥特曼的光芒消失了。地球会就此迎来末日吗？为了阻止赛高古，吉奥的队员们和考古学家玉城司教授抱着必死的决心前去寻回能封印赛高古的神秘之力。在千钧一发之际，玉城司的儿子悠斗那想要保护母亲的强烈愿望引发了奇迹。初代奥特曼、迪迦奥特曼就此登场！随后，吉奥与奥特英雄们合力对付以赛高古为首的怪兽军团，激战就此展开。

某日，SSP成员收到了一份神秘的包裹，神秘包裹里装的居然是艾克斯奥特曼的变身器艾克斯闪光。在艾克斯闪光的指引下，SSP队员和凯前去寻找下落不明的大地。没想到的是，凯与SSP等人在寻找大地的时候，居然遇到了伽古拉。伽古拉表面帮助SSP等人寻找大地，暗地里却有着自己的打算。宇宙魔女贼姆鲁娜乌喜欢将美丽的东西作为宝石收藏起来，如今的她已经成功收集了银河和维克特利的宝石。接下来，她打算将地球也化成宝石收藏起来。新的危机即将降临地球！

某天，世界各地接连出现奇怪现象：安装心脏起搏器的病人突然暴亡、鸽子迷失方向四处乱撞、金门大桥断裂、罗马竞技场遭到密集雷电袭击……一时间，人类陷入前所未有的恐慌，似乎恐怖的世界末日就在眼前。各国政府及军队紧急动员，急切找到这一连串灾难发生的原因。在这关键时刻，地质物理学家乔许·凯斯探明真相，原来地核因某种未知的原因停止转动，导致磁场消失。为了拯救人类和地球，乔许以及蕾贝卡·柴德、罗伯特·艾维森等专家组成一支救援小组，共同前往地球中心实行艰巨而充满危险的拯救任务。人类的命运命悬一线……

故事从创骑夺走了艾克赛德的力量后说起。曾与葛城巧公事的科学家最上魁星为了完成自己的研究，不惜启动了名为恩尼格玛的机器，欲将创骑与艾克赛德所处的两个平行世界合并。两个世界冲突相撞仅仅剩下24小时。在这关键时刻，玩家驱动器却因世界合并而无法使用。面对前所未有的危机，传说骑士们纷纷采取了行动。桐生战兔顺利地捕捉到了最上的行踪，顺藤摸瓜地找到了创骑世界中的恩尼格玛。宝生永梦也在火野映司、如月弦太郎、天空寺尊等人的帮助下抵达了艾克赛德世界中的恩尼格玛。为了阻止两个世界的毁灭，众人需要恢复艾克赛德的力量，为此战兔竟决

很久以前，地狱的芭罗慈遗迹被成功的封印了。如果那个封印被解除拥有灭世之力的上古地狱阎魔兽扎伊古将复活。邪恶之力蠢蠢欲动。为了阻止这一切，天空大地等特殊防卫队的队员和考古学家玉城有司前往遗迹一探究竟。

故事发生在被天空之壁分为三区块的创骑的世界，竟然出现了艾克赛德世界的敌人——崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空出现了倒立的另一个世界。

身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名假面骑士及人类们，那么，只有那些男人们。

某日，正在做实验的SSP成员，突然收到了不知道是谁寄来的神秘道具。没想到那居然是艾克斯奥特曼的变身器艾克斯闪光。可为什么艾克斯闪光会出现在这里呢？艾克斯奥特曼的变身者大空大地，被人绑架了。某座岛屿似乎发生了异变，欧布奥特曼独自迎敌，落入下风。幸亏最后赛罗奥特曼及时赶到，欧布奥特曼才得以脱出困境。地球出现了新的危机！宇宙魔女贼姆鲁娜乌得到了拥有邪恶力量的黑暗之环，她拥有将任何东西转化为宝石的能力。她喜欢将转化后的宝石作为珍藏品收藏起来。之前她已经收集了银河奥特曼和维克特利奥特曼的宝石。如今姆鲁娜乌盯上了地球

暗吉尔，埃塔格…过去的宿敌不断复苏！ 还有谜一样的邪恶奥特曼，黑暗艾克斯和黑暗捷德登场！

某日，SSP成员收到了一份神秘的包裹，神秘包裹里装的居然是艾克斯奥特曼的变身器艾克斯闪光。在艾克斯闪光的指引下，SSP队员和凯前去寻找下落不明的大地。没想到的是，凯与SSP等人在寻找大地的时候，居然遇到了伽古拉。伽古拉表面帮助SSP等人寻找大地，暗地里却有着自己的打算。宇宙魔女贼姆鲁娜乌喜欢将美丽的东西作为宝石收藏起来，如今的她已经成功收集了银河和维克特利的宝石。接下来，她打算将地球也化成宝石收藏起来。新的危机即将降临地球！