本动画是《圣斗士星矢》30周年纪念作。与冥王哈迪斯战斗时，为给星矢他们打开突破口，12位黄金圣斗士舍命破坏了叹息之墙！然而，已逝的艾欧利亚和其他黄金圣斗士却在阳光普照的美丽大地上复活！2015年，黄金小宇宙终于苏醒！

在遥远的神话时代，海中的波塞冬、冥界的哈迪斯无一不在觊觎人类赖以生存的大地。身为大地守护神的雅典娜，与他们展开连番战争。与此同时，人类中一些骁勇善战、正义善良的少年围绕在女神身边和她并肩作战。他们拳可以撕裂天空，脚能够踩裂大地，这群不用武器、完全凭借赤手空拳战斗的少年被称作“雅典娜的圣斗士”。从神话时代开始，雅典娜和圣斗士们就与无数邪神展开无数次的圣战。时间到了现代，星矢、紫龙、冰河、瞬、一辉等五个青铜圣斗士在战争中不断成长起来，他们打败了阴谋篡位的教皇、意欲淹没大地的海神波塞冬，对抗企图带来永久黑暗的冥

圣斗士系列的延续，圣斗士星矢Ω以新一代圣斗士的战斗故事为主线，讲述天马座青铜圣斗士光牙和同伴们不畏艰险，共同对抗企图挟持女神雅典娜、毁灭世界的邪恶势力玛尔斯的故事。

在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。数千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活体闯入冥界。青铜5人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……

在城户沙织以“银河战争”的开幕为开端，觉悟到自己要为将在圣域蔓延的邪恶曝光于天下而战的宿命之后，感觉到纷争气息的邪恶女神“厄里斯”在彗星“雷帕鲁斯（Repulse）”的引导下再次袭击地球，企图为大地带来流血混乱。为了粉碎她的野心，身为雅典娜的侍女的圣斗少女们陆续展开了激斗！

故事终于进入了传说中的“圣域十二宫篇”！！！星矢和青铜圣斗士们为了拯救女神雅典娜，直面教皇率领的黄金圣斗士们，双方演绎出一场惊世大战！

本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等，故事以他们为中心而展开。