仙界道祖赵玄机渡劫时遭三千道祖围攻，七名弟子为护他而魂飞魄散。濒死之际，他以混沌道钟送弟子转世，自己兵解重生。十万年后，他在乾元大陆苏醒，沦为炼气期修士，执掌破败的悟道宗。但那份师徒羁绊，始终未灭。

不死少年陆沉身陷混沌域绝地百万年，只能依托庞大魂力以神识游历诸天万界，但每次游历之后都会陷入长久的沉睡中。历经无数年的暗中布局，改变命数轮回，终于在又一次苏醒后，于神魔墓园脱困而出，如龙入海。时过境迁，昔日被迫收下的徒弟竟成了修为通天的大帝，好心收养的小女孩已成为镇压一界的仙子，就连随手捡的一只癞皮狗，也已成为一宗之祖。诸天万界，天地为局，众生为子，对抗十二苍天，一切都在他谋划百万载的旷世奇局之中。

不死少年陆沉，身陷混沌域绝地百万年，只能依托庞大魂力以神识游历诸天万界，但每次游历之后都会陷入长久的沉睡中。历经无数年的暗中布局，改变命数轮回,终于在又一次苏醒后，于神魔墓园脱困而出，如龙入海。时过境

明末，明将吴三桂卖国降清，清官招降纳叛，广收武当、峨嵋派的江湖败类，勾结地方恶霸，向少林子弟赶尽杀绝，洪、方、胡等处在重重危机险恶之中。

大司马桑公的独女桑祈被人挖坑应下了一个赌约，要让大燕第一公子晏云之收下自己的荷包，并且答应上元节赏灯之邀，否则就要代替名伶在灯会上弹唱。桑祈开始以为这不过是小事一桩，然而她去晏府拜访几次却都吃了闭门羹。得知晏云之在国子监授课，为了完成赌约，她决定进入国子监堵他。在经过桑公七次毫不害臊、痛哭流涕地提出要让独女进国子监读书的要求时，皇帝只好同意。就这样，桑祈进入了国子监，和青梅竹马的好友卓文远，以及里面锦衣华服的少年公子们成为了同窗，也成了国子监历史上唯一的一个女弟子。

清朝年间，少林与武当都拥有极多高手。少林以反清复明为志，武当派则甘作满清鹰犬，因而两派处于敌对局面。旗人青年童千斤（罗莽），因自幼是孤儿，遭受同族欺侮，故对族人怀恨极深，投身少林寺习武。他联络同门师兄弟胡惠乾（江生）等进行反清复明工作。武当派高手为了对付少林弟子，亦派出门下弟子分批下山，与童相遇掀起一场又一场的打斗……

清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰 饰）是红花会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华 饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗 饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至菩禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往红花会…

传说太极宗师张三丰留下一枚太极石，得此石者可功力大增，甚至死而复生。张三丰将冢内布局绘于太极图上，并交由弟子陈氏一族保管。五百年后，太极门陈氏惨遭灭门，太极图也不知所踪，太极门最后的传人陈乘风为查明灭门真相误信师叔秦四，带着秦四手中的太极图将一众人等带入异兽冢，遭遇重重机关和异兽袭击。陈乘风得到太极石后，秦四露出真面目，众人因此得知30年前灭门真相，在秦四大开杀戒时，一神秘人出现救走陈乘风。神秘人是谁？陈乘风又能否以太极功制服拥有太极石力量的秦四，太极石最后又归往何处？

Cempaka是一位武术大师，有“金色手杖战士”之称。她有4个弟子，分别是Biru、Gerhana、Dara Angin。他们都是过去她对手的孩子，她打算将其终极武艺——金色手杖传给其中一个弟子。最终，她选择了Dara作为继承人，成为金色手杖战士。虽然Dara一开始对继承金色手杖非常不安，但最终战胜自己，成为一名出色的金色手杖战士。

满清入主中原后，有讳于汉族民众以武术造反，严禁民间习武。少林本也应列禁例之内，但有鉴于寺中弟子皆武艺高强，清廷于是命少林选派弟子，教授八旗官兵武艺。然而有一将军（王龙威饰）深觉少林终乃清廷心腹大患，又不满于其隐匿寺中武僧，仅指派俗家弟子前往授艺，终生挑拨南北少林两家，另双方自相残杀以剿少林之念。