某海岛上发现疑似南越遗址，相传可能是南越丞相吕嘉的藏宝之处。台风将至，耳力超凡的野外生存专家吴痕受南越史学家顾临的邀请帮助考古队抢修文物，却意外发现与吕嘉年代相去甚远的洞窟，由此，众人踏上了奇幻的冒险旅程。

影片讲述了精绝古城归来后，雪莉杨发现鬼眼红斑诅咒降到自己身上，胡八一一行前往龙岭迷窟寻找龙骨天书试图解除诅咒。一路步步涉险，遇到上古神兽铁头龙王、以人骨为食的红眼狼群和人面蜘蛛，最终寻得龙骨天书的故事。

传闻龙岭迷窟中出土过龙骨异文，Shirley杨前往调查遇到胡八一等人，在幽灵空冢一探究竟，胡八一询问红斑之事，Shirley杨道出当年鹧鸪哨的故事。自精绝古城回来Shirley杨带陈教授回美国治疗，发现背上长出眼球状的红斑。胡八一与王胖子、大金牙前往古蓝县进货，遇到Shirley杨。随后四人进到一座幽灵冢寻找无果，险些葬于人面蜘蛛的果腹。出来后，胡八一和王胖子也长出红斑，Shirley杨拿着外公鹧鸪哨的笔记，告诉他们黑水城的通天大佛寺中，也许藏有解开红斑诅咒的关键-雮尘珠。在他们进到寺内，对抗黑玉邪神时发

“鬼船”入港，上司为明哲保身而欲以“水匪之乱”草草结案，狄仁杰却隐隐觉得事情蹊跷。大典在即，长安城人心惶惶，皇后命大理寺座沈铭三日之内结案，沈铭只好将破案压力给到狄仁杰。都水监长官冷霁月也加入其中，在案发“鬼船”上又遇见旧识段言。此三人前往长安情报中心“下城”，获得情报。一路探究，连翻长安地下两大势力终于找到秘密所藏之处——云窟。狄仁杰等人进去古陵云窟，连破机关陷阱，陷入绝境之中，狄仁杰依靠土层辨识找到出路，终于突破阳墓找到怀王与大月之遗族饲养龙鳌的阴墓。真相渐渐浮出水面，大典在即，各股黑暗势力伺机而动，