并州发生鼠患，监狱坍塌，狄仁杰临危受命。大量村民因为鼠患而染病，被困城中。狄仁杰为了挽救全城百姓的性命，追查病源，然而随着调查的深入，原来鼠灾背后竟然还隐藏着一个巨大的阴谋。

法兰克福市遭到热浪袭击，市内工人纷纷罢工，堆积如山的垃圾引起鼠患问题，老鼠群在市内无孔不入，更可怕的是它们身上带有一种不知名的可致命病毒。卡田医生急忙研制一种免疫疫苗以拯救市民。但灾难控制员法兰明白到传统的灭鼠方法并不可行，唯一解救方法只有独闯鼠穴…

故事围绕舒克贝塔为了解决鼠族生死危机展开，两兄弟带领伙伴们完成更高难度的挑战。新一季人物关系更为复杂，情感充沛。在这一季也将揭开琪琪身世的秘密，还会有新的小伙伴加入顺利完成英雄成团路，携手一起乘风破浪。