从神奇宝贝研究的权威大木博士获得第一只神奇宝贝小火龙的少年小赤展开了冒险。小赤的目的就是为了帮博士完成神奇宝贝图鉴的收集工作。因此他和小火龙一起和各种神奇宝贝相遇并战斗。在战斗中，小赤遇到了作为对手的小绿，并和其一起与火箭队展开战斗。为了与火箭队的BOSS坂木展开对决，他们在去挑战的过程中与各种未知的神奇宝贝相遇！　　值得怀念的「神奇宝贝红·绿」的崭新的冒险故事从现在开始登陆动画平台，从绚丽的动画复苏!!

本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。其蓝本是第五世代游戏（口袋妖怪黑白）。小智与皮卡丘和新伙伴艾莉丝、天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。