自人类移民至太空殖民地以来，经过了数百年的宇宙时代，围绕地球圈霸权的争夺战争结束，大家以为和平的时代终于到来。A.G.101年，突然出现的未知敌人（Unknown Enemy。以下简称“UE”）前来袭击，太空殖民地“天使”完全崩毁，死伤无数。这事件就是“天使的落日”，它让居住于地球圈的人类，再度陷入漫长的苦痛之中，而此事亦为长达一百年的战争揭开序幕。

主人公三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了对少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但CGS受到了摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月当做诱饵后撤退了。少年们的领袖奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们进行反击，而三日月被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。

天人与联合国军的最终决战后过了四年。建立地球联邦政府的人类，为了追求更进一步的国家间之统合，以及人类意识的统一，在联合正规军之外，设立了独立治安维持部队“A-Laws”，目的为对所有危害联合的势力与主义、思想等进行非人道的压迫，例如反联合的国家、Katharon以及再次出现的天人。为了遵守与路易丝·哈勒维的约定，朝着成为宇宙技术员之路前进的沙慈·克罗斯洛德，也身不由己的被联合政府的变革所卷入。另一方面，在4年前的最终决战中存活下来的刹那·F·清英，默默注视著因为受天人影响而变革的世界所产生的变化。打倒监视

C.E.70年2月，地球联合军与扎夫特之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了扎夫特的战士。

宇宙世纪0068年，SIDE 3，慕佐自治共和国。准备发表从地球联邦政府完全独立宣言的吉翁．兹姆．戴肯，突然在演说中倒下并离开人世。戴肯的两位遗孤卡斯巴尔与阿尔黛西亚，其命运有如接下来激烈动荡的时代般，正等着他们…

宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，与爱德华、雪拉过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔手，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。

在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

在西历2307年，虽然化石燃料枯竭了，但是人类得到了截然不同的新型能源。三台巨大的轨道升降机以及伴随它们的大规模的太阳光发电系统。但是能得到这个系统恩惠的，只有一部分大国和其同盟国而已。拥有三台轨道升降机的三个超大国群分别是，以美利坚合众国为中心的「Union」；以中国、俄罗斯、印度为中心的「人类革新联盟」；以欧洲为中心的「AEU」。各超大国家群为了自己的威信和繁荣，持续着逐渐扩大的zero-sum game。没错，即使到了24世纪，人类还未能做到同心同德……在这无法结束战斗的世界，出现了以「使用武力根绝

宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉翁军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。萨比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的雪拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE 7 平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的「鲁姆会战」即将展开。