一次简单的营救任务，小队成员因错综复杂的关系危机不断，合作伙伴心怀 鬼胎暗藏杀机，当付出惨重代价完成任务之时，才蓦然惊觉，他们已经陷身于一场巨大的阴谋当中……

在幻影忍者们齐心协力击退飞天海盗之后，忍者世界恢复到往日的和平。忍者们认真地进行日常训练，但大地忍者-寇，似乎有什么心事困扰着他。寇在过去的战役当中，被邪恶的杨大师变成了幽灵，原本他还以为自己已渐渐习惯幽灵形态，但他却惊觉自己有可能随时会消失不见，仿佛不曾存在过一样。