故事发生在美国马里兰州的港口城市巴尔的摩。狡猾而残忍的毒贩头子伊文-巴克斯代尔把持着城市西区和滨水地带的所有毒品交易，他的罪行并不止于贩毒，不论是自己的手下、警察还是生意对手，凡是阻挡了财路的人都会面对致命的枪口。在副手拉塞尔-贝尔出色的经济头脑的协助下，伊文不但毒品生意日渐兴旺，势力开始向房地产等合法生意扩张。巴尔的摩警察局行动科的詹姆斯-麦克纳尔特、塞德里克-丹尼尔、沙吉玛-格雷吉斯等探员致力于拔除巴克斯代尔犯罪团伙，但是他们面对的不仅是嚣张的毒贩，顶头上司行动部专员欧文-布瑞尔一心要爬得更高，当他发

四只生活在纽约下水道里的小乌龟因为有毒的放射性物质的污染，开始向他们接触最多的物种--人类“进化”，并在鼠师傅斯普林特的谆谆教导下，变成了四个最可爱、最善良、最勇敢的绿壳英雄！第一次走出秘密栖身的下水道，这些忍者兄弟就将面对一个奇妙又危机四伏的世界——大都市纽约。敌人比以往更强大，忍者龟们对比萨饼的热爱有增无减，他们的忍术日臻完美，搞笑功力也更有长进！