《军号密码》以发生在江南新四军纪念碑前的“碑前放鞭炮，空中响军号”的富于传奇色彩的新闻入手，描写了一个在南京大屠杀中被日军杀害父母而逃出魔窟的少年李小亮在新四军队伍里成长为抗日小英雄的故事。

影片故事取材于南京大屠杀期间日军真实罪证影像。一群生活在南京的百姓躲在吉祥照相馆中避难，为了尽可能的多活一日，他们被迫帮助日军摄影师冲洗底片，却意外冲印出了能证明日军屠城的罪证照片。日军企图掩盖大屠杀真相，他们则在日军眼皮底下谋划着如何将底片运送出去……