宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，与爱德华、雪拉过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔手，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。

在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉翁军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。萨比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的雪拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE 7 平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的「鲁姆会战」即将展开。

* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。rr星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。

故事发生在2030年的日本。一种病毒正在全世界范围内蔓延。病毒感染者会突变成怪物，而且根据年龄、性别、种族的不同，会变化出不同形态。因为变化形态的多种多样，这种病毒被称为「Gibia」（像野生鸟兽富有多样性）。然而，在日本这片废土之上，一对武士与忍者突然出现了。他们二人从江户时代的早期穿越而来，在研究病毒治疗方法的博士的帮助下，共同展开行动。面对着接踵袭来的Gibia，抢夺路人食粮的亡命之徒，以及各种敌人的围攻之下，杀机重重、生死攸关的冒险之旅开始了。

在第二季中，依然是围绕着秀丽成为了新人官员之后，得到了身边许多人的帮助。然而就在一切都变得祥和的时候，一个拥有特殊能力的名为缥家的族人来到了彩云国。 一场不为人知的阴谋也悄悄地随之降临。秀丽是否能识破其中的一切呢？在经历了种种挫折与分别之后，依然还能奉着当初的初衷为民请命吗？

由于2020年名云京志郎事件，使得AOI车队被罚禁赛一年。在禁赛的期间里，加贺一直为了等待与风见隼人再度比赛而忍耐着。然而到了2022年参赛前，A98董事会却作出了取消参加高智能方程式赛事的提案，经过重回领队职位葵今日子的极力争取，才达成协议，如果AOI车队在2022年不能夺取世界冠军的话，那么AOI将永久退出高智能方程式比赛。然而，已经停止了一年的赛车开发工作，使得AOI车队的赛车“超级史巴利安Zu002FA-10”已经远远落后于其它车队的赛车，纵然加贺拼命比赛，但仍然被压倒性地击倒。　　正当加贺为此而

在第二季中，依然是围绕着秀丽成为了新人官员之后，得到了身边许多人的帮助。然而就在一切都变得祥和的时候，一个拥有特殊能力的名为缥家的族人来到了彩云国。 一场不为人知的阴谋也悄悄地随之降临。秀丽是否能识破其中的一切呢？在经历了种种挫折与分别之后，依然还能奉着当初的初衷为民请命吗？

由于2020年名云京志郎事件，使得AOI车队被罚禁赛一年。在禁赛的期间里，加贺一直为了等待与风见隼人再度比赛而忍耐着。然而到了2022年参赛前，A98董事会却作出了取消参加高智能方程式赛事的提案，经过重回领队职位葵今日子的极力争取，才达成协议，如果AOI车队在2022年不能夺取世界冠军的话，那么AOI将永久退出高智能方程式比赛。然而，已经停止了一年的赛车开发工作，使得AOI车队的赛车“超级史巴利安Zu002FA-10”已经远远落后于其它车队的赛车，纵然加贺拼命比赛，但仍然被压倒性地击倒。　　正当加贺为此而

宇宙世纪0074年。离开了德克萨斯殖民卫星的爱德华･玛斯，伪装自己的身分，以夏亚･阿兹那布尔之名，进入吉翁共和国国防军官学校就读。而与同届的扎比家少爷、卡尔马交情交深的夏亚，两人逐渐两人逐渐受到学生们的推崇。宇宙世纪0077年。终于，学生们以独立为号召，对地球联邦军治安部队展开武装起义。但那也正是揭开夏亚誓言复仇的华丽剧本序幕……。——现在，历史的齿轮即将转动！ "